La fondazione di Crotone risale al 718 a.C., come citato da Eusebio nel suo "Cronicon" sebbene altre fonti la rimandino al 710 a.C., o al tempo del re Polidoro, nel 743 a.C. La città venne fondata dagli Achei.

La leggenda narra che il nome Crotone derivi da "Kroton", figlio di Eaco, che morì ucciso per errore dal suo amico Eracle. Questi, per rimediare all'errore compiuto e per onorare l'amico che lo aveva ospitato, lo fece seppellire con solenne cerimonia sulle sponde del torrente Esaro e poi vicino alla tomba fece sorgere la città a cui diede il suo nome.

Pitagora, nato a Samo nel 572 a.C si trasferì a Kroton presso l'amico Democede. Creando una scuola di sapere di scienza, matematica, musica,poiche' Pitagora aveva portato con se il sapere e numerosi manoscritti orientali,provenienti dal Tibet, scritti ebraici del Re Salomone [Clavicole].

Pitagora con i suoi discepoli conquistò il potere politico della città: in pochi anni si consolidarono governi pitagorici in molte poleis magnogreche costituendo una sorta di confederazione fra città-stato con capitale Kroton, come risulta da numerose monete coniate fra il 480 e il 450 a.C.

Giunta al massimo della sua egemonia politica e culturale, Kroton fu travolta da una serie di conflitti sociali che sfociarono nella sanguinosa rivolta guidata da Cilone durante la quale molti pitagorici furono trucidati e lo stesso Pitagora dovette fuggire da Kroton e riparò a Metaponto. Parallelamente caddero anche gli altri governi consimili e vi furono stragi e persecuzioni di pitagorici in tutte le poleis italiote.

Caduto il governo pitagorico, Kroton visse un periodo di decadenza. Costituì, con Metaponto e Caulonia, la Lega Italiota per difendersi dagli attacchi delle popolazioni lucane, Nel 383 a.C. la federazione fu sconfitta da Dionigi I di Siracusa in una sanguinosa battaglia.

Nel 1928 la città cambiò nome da Cotrone a Crotone.

Il suo porto che strategicamente colma le distanze dei più vicini porti di Taranto e Messina, favorisce ogni attività di scambio e si propone come traino per l'economia agricola e la proliferazione di attività industriali.

L'insediamento industriale ha visto la città protagonista nel periodo a cavallo fra le due guerre mondiali, favorite anche dalla vicinanza con la centrale idroelettrica. La popolazione crotonese raddoppia durante gli anni trenta, fino a superare i 50.000 abitanti odierni. Purtroppo le industrie principali, Pertusola Sud e Montedison, collassano presto. Alla fine degli anni 80 infatti, la città è stroncata da una grave crisi economica. Il 6 settembre 1993 si ebbe "la notte dei fuochi", una rabbiosa la protesta degli operai delle fabbriche agonizzanti.

Migliaia di crotonesi perdono il posto di lavoro, e questo accentuerà l'inevitabile emigrazione di massa verso lidi più prosperi. Tante promesse, tanti progetti, tanti nuovi enti e consorzi per lo sviluppo ma pochi, pochissimi risultati e, in attesa del rilancio turistico, Crotone divenne provincia nel 1994.

Un'altra battuta di arresto per la città è data dall' alluvione del 1996, che distrugge gran parte delle abitazioni a ridosso del fiume Esaro e stronca sei vite umane, così come il morale della città.

Dal 1997 al 2005 l'amministrazione comunale è stata guidata dal sindaco Pasquale Senatore a cui si devono numerose opere: il Piano Regolatore Generale, il porto turistico, il nuovo lungomare, l'ammodernamento dello stadio Ezio Scida in occasione, nel 2000, della storica promozione della squadra allenata dall'ex difensore della Juventus Antonello Cuccureddu in Serie B, la riqualificazione e la bonifica delle contrade e le numerose fontane e parchi, la partecipazione al concorso di riqualificazione urbanistica, Urban II. La città risale la classifica sulla qualità della vita, che l'aveva vista arenarsi nelle ultime posizioni.

Deve la sua espansione demografica agli investimenti che portarono qui gli insediamenti dei colossi della chimica come Montedison e Enichem, tanto da diventare il polo industriale calabrese. Tuttavia alla fine degli anni 80 la crisi del settore portò alla chiusura degli stabilimenti, e anche se l'area industriale venne riconvertita, tutt'ora non si raggiungono i livelli dell'epoca