L'abitato di Villa San Giovanni è contiguo a sud  all'area urbana di Reggio Calabria, confina a nord con il comune di Scilla ad est confina con il comune di Campo Calabro, infine ad ovest è delimitato dal mare dello Stretto di Messina.

Alla fine del XVIII secolo Rocco Antonio Caracciolo, ricco proprietario terriero della zona, staccando i casali di Fossa, Pezzo, Cannitello, Piale e Acciarello dall'allora Università (un'istituzione simile all'attuale comune) di Fiumara di Muro, grazie a buoni uffici presso la corte dei Borboni di Napoli, riuscì a dare unità politica ed amministrativa a piccole comunità tra loro distanti e rivali, chiamando il nuovo centro Fossa San Giovanni e poi Villa San Giovanni, nuovo nome dato con decreto di Ferdinando I di Borbone del 6 Novembre 1791.
Villa aveva allora una popolazione di circa 1.200 abitanti.

La città fu devastata dal terremoto del 1783. Nel 1797 i villesi riuscirono ad ottenere di poter eleggere un proprio sindaco e possiamo datare all'anno successivo la nascita dell' Università di Villa San Giovanni, corrisponde all'attuale comune.

Ma già nel 1807 Cannitello e Piale si staccarono da Villa, formando comune a sé, con sede a Cannitello, non riuscendo però a comprendere anche Pezzo che rimase all'interno di Villa.

L'elemento principale dell'economia di Villa è costituito dai servizi di traghettamento per la Sicilia.

Sino agli anni '60 il monopolio nel traghettamento era detenuto dalle Ferrovie dello Stato;